Déjà en 1080, Ebrard, chanoine de l’abbaye, évoque des vaisseaux d’une certaine importance qui passaient sur l’Aa à Watten. Au XIIe siècle l’Aa est canalisé par les comtes de Flandre, rendant le fleuve navigable jusqu’à la mer. Un «overdrach», ancêtre des écluses, est créé à Wattendam afin de faciliter la circulation sur l’Aa. Au XIIIe siècle, de nouvelles digues sont édifiées pour construire la « Grande Rivière » contournant Watten entre Saint-Omer et la mer. En 1400 un arrêt du roi de France, Charles VI, promulgue la liberté totale de circulation des marchandises de Saint-Omer à Gravelines, sans aucune redevance à Watten.
Lors de la campagne de guerre de 1638, Thomas de Savoie fit édifier une digue de barrage dans la vallée de l’Aa. Cette digue permit de créer une retenue d’eau afin d’inonder les environs et le marais Audomarois jusqu’à Saint-Omer, empêchant son attaque. La rivière fut redressée, élargie et approfondie en 1681 pour la construction du canal de Calais, et en 1753 lors de la construction du canal de Neufossé.
En 1837, le mouillage est porté à 1,65 mètres. En 1875, l’Aa est mise au gabarit dit «Freycinet» et le canal est détourné du centre-ville pour passer par l’actuelle cité Saint-Michel.
Watten s’est développée le long du canal de l’Aa lors de la révolution industrielle au XIXe siècle. De nombreuses activités sont nées de l’eau : chantiers de construction et de réparation de bateaux, écluse qui a donné naissance à Wattendam, halte nautique. D’autres ont disparu : centrale hydro-électrique au pont de Houlle en 1893, ou port fluvial.
Dans les années 1960 la mise à grand gabarit européen stabilise définitivement le cours du canal de l’Aa à l’Ouest du centre-ville, créant des délaissés à Wattendam et entre le camping et le collège. En 2007 le pont est relevé.
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